Aufgrund der äußeren Form, spezieller konservatorischer Bedingungen, aber auch des enormen wissenschaftlichen Interesses erfolgte im 19. Jahrhundert in den meisten Archiven die gesonderte Aufstellung der Urkundenbestände in einer Bestandsgruppe.
Im Landesarchiv wird diese in Nachfolge des damaligen Provinzialarchivs am Standort Magdeburg verwahrt. Sie ist im Wesentlichen entsprechend der Territorienlandschaft des 17. und 18. Jahrhunderts gegliedert:

• Erzstift Magdeburg,
• Hochstift Halberstadt,
• Stift Quedlinburg,
• kursächsische Gebiete,
• Harzgrafschaften,
• Reichsstädte Nordhausen und Mühlhausen,
• kurmainzische Gebiete,
• Altmark,
• außerpreußische Gebiete und
• Deutscher Orden.

Der Standort Magdeburg beherbergt mit 123 die meisten Ottonenurkunden unter allen Archiven der Welt und ist damit ein wichtiger Ansprechpartner der Frühmittelalterforschung. Auf der anderen Seite haben die Urkundenbestände modernere Züge als vermutet: Sie reichen fast alle mindestens bis ins 18. Jahrhundert und nahezu ein Drittel der Urkunden sind keine Pergament-, sondern Papierurkunden.

Schon im Frühmittelalter wurde damit begonnen, Urkundentexte zu ihrer Sicherung in gebundene Abschriftenwerke (Kopiare) einzutragen. Sehr viele Urkunden sind nur auf diese Weise erhalten, wie etwa die päpstliche Verkündung des Beschlusses, Magdeburg zur Metropole zu erheben (967 April 20). Im Provinzialarchiv Magdeburg wurden diese Kopiare mit anderen Archivalien in Buchform zu einem Bestand aus weit über 1.000 Bänden vereinigt.

Die urkundliche Überlieferung Anhalts, die am Standort Dessau archiviert wird, war von den verschiedenen anhaltischen Linien über Jahrhunderte in ihrem gemeinsamen Gesamtarchiv niedergelegt worden, in dem sich auch Kopiare befinden. Die Urkunden wurden später in drei streng chronologisch angeordnete Bestände gegliedert: U I reicht bis 1400 und entspricht einem Großteil der im Codex diplomaticus Anhaltinus edierten Texte; U II umfasst das 15. Jahrhundert und korrespondiert mit dem Regestenwerk Hermann Wäschkes; U III beinhaltet die neuzeitlichen Urkunden.

Neben derartigen Einheitsbeständen befinden sich Urkunden jedoch auch in anderen Beständen, deren inhaltliches Gros aus Akten besteht. Namentlich in zahlreichen Adelsarchiven, die am Standort Wernigerode verwahrt werden, lassen sich Urkunden ermitteln.